Der Wiederaufbau des Neuen Museum umfasst die bauliche und restauratorische Wiederherstellung und Ergänzung. Die Bauteile Nordwestflügel und Südostrisalit werden in enger Anlehnung an die ursprünglichen Volumen und Raumfolgen wieder aufgebaut. Beide Innenhöfe werden mit Glasdächern überdacht. Die zur Zeit eingelagerte Süd-/ Ost- und Querkolonnade wird wiedererrichtet. Der Bestand ist ein Mauerwerksbau. Die vorhandenen Decken sind aus Ziegeln und/ oder Hohltöpfen gemauerte Kassettendecken, Gewölbe und Kuppeln unterschiedlichen Typs. Die Decken ruhen auf Stützenstellungen, teilweise spannen Bogen-Sehnen-Träger frei über die gesamte Raumbreite. Einige Geschossdecken sind innerhalb des Bestandes neu zu errichten. Der bedeutende Tür- und Fensterbestand wird nahezu ausnahmslos erhalten und entsprechend den brandschutz- sowie sicherheitstechnischen Anforderungen nachqualifiziert. Großformatige Wand- und Deckentafeln aus Betonwerkstein hoher Oberflächengüte und Präzision bilden die Bekleidung. Das Tragwerk der Überdachung des Ägyptischen Hofes, die Apsis des Griechischen Hofes, Bodenbeläge und Unterdecken sind ebenfalls aus Betonwerkstein. Sonderfälle bilden die Ziegelkalotte der Apsis Griechischer Hof (Ebene 3) sowie die neue Kuppel des Südkuppelsaals. Die zweischaligen Außen- und Hofwände bestehen aus selbsttragendem Ziegelmauerwerk aus Altziegeln. Die Hofüberdachungen sind ebenfalls zweischalig ausgebildet. Die heutigen Anforderungen an eine museale Nutzung erfordern eine Klimatisierung aller Ausstellungsbereiche sowie eine Vielzahl an elektro- und sicherheitstechnischen Anlagen und Komponenten. Die Neubauteile übernehmen dabei die wesentlichen Funktionen, die Aufzüge, Technikräume, Unterverteilungen und die Mehrzahl der vertikalen TA-Schächte aufzunehmen.