1939 schließlich wurde das kulturhistorische Kleinod von der politischen Gegenwart eingeholt. Der zweite Weltkrieg zeichnete sich ab. In weiser Voraussicht entschied die Museumsleitung, die Sammlungen des Hauses zu schließen und die Objekte, soweit möglich, auszulagern.

Schwere, unbewegliche Exponate, speziell Teile der Ägyptischen Sammlung, verblieben allerdings an Ort und Stelle. Sie wurden durch Sandsäcke und eilig errichtete Schutzmauern so gut wie möglich gesichert. Zumindest große Teile der Sammlungen konnten so vor der sinnlosen Zerstörung gerettet werden. Der Stühlerbau an sich jedoch wurden durch Brand- und Sprengbomben schwer beschädigt, teilweise wurde die ursprüngliche Bausubstanz sogar vollständig vom Bombenhagel vernichtet. Nach Beendigung des zweiten Weltkrieges lag das Neue Museum schließlich in Schutt und Asche.

Was unwiederbringlich zerstört schien und ohnehin einzustürzen drohte, wurde ab 1950 abgerissen. Der beklagenswerte Dämmerzustand des Neuen Museums hatte begonnen.