Als einziger der fünf Museumsbauten auf der Museumsinsel ist Stülers Neues Museum bis heute Kriegsruine. Anders als die wiederhergestellten Museen verkörpert die Ruine des Neuen Museums in eindrücklicher Weise dessen Geschichte und Verfall. Dabei ist der Grad der Zerstörung des Hauses sehr uneinheitlich. Der Südostrisalit und der gesamte Nordwestflügel des Gebäudes sind vollständig zerstört. Neben erhaltenen Innenräumen mit raffinierten Oberflächen bis hin zu Wandbildzyklen finden sich Bauteile wie die Treppenhalle, deren nackte Ziegelmauern einen erschütternden Leerraum umschließen.
Die Kraft der Ruine schöpft nicht zuletzt aus der Exposition der Ziegelvolumen, die sich nicht nur mit dem Wissen um die Geschichte des Hauses einprägen, sondern auch aufgrund ihres italisierenden Reflexes der klassischen Ruine.

Der Wiederaufbau des Neuen Museums bedeutet, die historische Bausubstanz der Ruine zu sichern, zu restaurieren und zusammen mit den Ergänzungen zu einem ganzen Haus zu vervollständigen. Die Restaurierung erhält und stärkt das Erhaltene. Der Entwurf nutzt das Erhaltene, gibt ihm den Gebäudekontext wieder und ergänzt das Haus, so dass es wie vor seiner Zerstörung den herausragenden Sammlungen des Ägyptischen Museums und des Museums für Vor- und Frühgeschichte angemessene Ausstellungsräume bietet.

Neu und Alt bleiben dabei authentisch, sind jedoch einander verständlich und nicht exotisch. Das architektonische Thema ist hier weniger der Kontrast als die Kontinuität. Die Sorge gilt nicht so sehr der Grenze als dem Übergang. Der Wiederaufbau des Neuen Museums soll einer enthistorisierenden Rekonstruktion ebenso entgehen wie einer romantisierenden Alt-Neu-Rhetorik oder der Monumentalisierung seiner Zerstörung.